Pour installer l'extension mysqli pour PHP, utilisez l'option de configuration --with-mysqli=mysql_config_path où mysql_config_path représente l'endroit où se trouve le programme mysql_config qui accompagne les versions de MySQL supérieures à la 4.1. Désactivez aussi l'extension standard MySQL (qui est activée par défaut) en utilisant aussi l'option de configuration --without-mysql . Si vous voulez installer l'extension standard mysql en même temps que l'extension mysqli, la bibliothèque embarquée libmysql distribuée avec PHP ne peut être utilisée. Utilisez à la place les bibliothèques clientes installées par MySQL avec des versions inférieures à la 4.1. Cela forcera PHP à utiliser les bibliothèques du client installées par MySQL pour éviter les conflits.